не совсем понимаю что ты хочешь
<script src="http://github.com/DmitryBaranovskiy/raphael/raw/master/raphael-min.js"></script>
<script>
window.onload = function () {
var R = Raphael(0,0, 640, 640);
var el = R.rect(200, 200, 300, 300);
el.animate({
transform: "r45",
y: "100"
},1000,function(){
el.animate({
transform: "r0"
},1000);
} );
}
</script>