не совсем понимаю что ты хочешь
<script src="http://github.com/DmitryBaranovskiy/raphael/raw/master/raphael-min.js"></script>
<script>
window.onload = function () {
    var R = Raphael(0,0, 640, 640);
    var el = R.rect(200, 200, 300, 300);
    el.animate({
        transform: "r45",
        y: "100"
    },1000,function(){
        el.animate({
            transform: "r0"
        },1000);
    } );
}
</script>