[Nanto]

Разобрался!

$(document).ready(function(){
	var timevis = 5000;
	var delay = 500;
	setInterval(function(){
	$(".block:lt(3)").slideUp(delay);
	setTimeout(function(){
		$(".block:lt(3)").remove().appendTo(".block_box");
		$(".block").show();
		}, delay);
	}, timevis);
});

Не учёл тот момент, что манипуляции с элементами начинаются уже тогда, пока ещё идёт анимация. Поэтому надо делать отложенное выполнение части скрипта.