[рони]

Angie,
добавьте проверку что y + 1 или y - 1 лежит в пределах от 0 до 4

// проверяем наичие пустой чейки снизу
    if(y+1<4&&nums[y+1][x] == undefined){
        nums[y+1][x] = nums[y][x];
        emptyCell = document.getElementById('empty');
        emptyCell.innerHTML = nums[y+1][x];
        //
        nums[y][x] = undefined;
        this.innerHTML = '';
        this.setAttribute('id','empty');
        emptyCell.removeAttribute('id');
        }
    // проверяем наичие пустой чейки сверху
    else if(y-1>=0&&nums[y-1][x] == undefined){
        nums[y-1][x] = nums[y][x];
        emptyCell = document.getElementById('empty');
        emptyCell.innerHTML = nums[y-1][x];
        //
        nums[y][x] = undefined;
        this.innerHTML = '';
        this.setAttribute('id','empty');
        emptyCell.removeAttribute('id');
        }