[Dmitry A. Soshnikov]

Как же так получается для второго случая с FD, функция определяется единожды - еще до run-time

Нет, не единожды. Каждый раз при входе в контекст исполнения. Функция - это тоже контекст исполнения. Runtime здесь имеется в виду - выполнения кода контекста исполнения.

function fn () {
  var a = function _a() {};
  function b() {}
}

Что произошло:

1. Входим в контекст исполения функции "fn":

- Заполняется VO:

VO['a'] - создалась переменная "а", значение undefined;
VO['b'] - создалась FD "b";

2. Выполняем код контекста функции "fn" (вот он, runtime контекста):

- создалась FE "_a"
- VO['a'] = FE "_a"

Или все же не тела в обоих случаях, а ссылки на одно и тоже тело ?

Вообще, это вопрос о связывании переменных. Есть блок кода под определённым именем:

name ---> блок кода

Или:

function name() {
  // блок кода
}

Далее, присваиваем _name ссылку (тип Reference) на тот же блок кода:

var _name = name;

name ---> блок кода <--- _name

alert(name === _name); // true

Старое имя связываем с новым блоком кода:

name = function () {
  // новый блок кода
};

_name ---> блок кода
name ---> новый блок кода

alert(name === _name); // false

Восстанавливаем:

name = _name;

P.S.: а, отвлекался, долго писал, Zeroglif ответил уже.