вот, как мне удалось разрешить поставленную задачу:
function embedplayer (playerCodeAsText) {
document.getElementById("wrapper").innerHTML = "<iframe name='iframeplayer'></iframe>";
var newWindow = window.open("", "iframeplayer");
newWindow.document.write(playerCodeAsText);
}
var wrapperDiv = document.createElement("div");
wrapperDiv.id = "wrapper";
document.body.appendChild(wrapperDiv);
var codeAsText = "<script>" + какие-то манипуляции с содержимым кода + "</script>"
window.addEventListener("load", function () {embedplayer(codeAsTExt);}, false);
фишка была в том, чтобы повесить функцию загрузки динамически создаваемого плеера в iframe на какое-нибудь событие (в моем случае после загрузки основного окна).