В последнем примере всё объявлено правильно. Может ты опять объявил её с инкапсуляцией и "вызовом при объявлении", как в первом примере? Т.е вот так:
var TreePanetEdit = new (function(box)
{
if(box)
{
alert(box);
}
else
{
alert('nexus');
}
})();
if(isset('node.error'))
{
if(isset('node.error.title') && isset('node.error.text'))
И в этом месте, как я понимаю, не нужно ставить кавычки, так как проверяется по самому элементу, а не по его имени.