[T-sh]

причем тут конфиг апача?

<script src="/js/jquery-1.7.1.min.js" />

путь указывается с корневой директории сайта.. httpdocs или www (смотря как сконфигурирован серв).. если в корне нет папки js — то и подключать нечего. с css тоже самое.