[Riim]

они туда не попадают, дело в уменьшении размера childNodes

Если точнее то да. Длинна уменьшается, а в цикле используется запомненная в переменной length длинна.
Можно ее просто не запоминать:

var TextNode = {
	each: function(callback, parent) {
		for (var childNodes = (parent || document.body).childNodes, i = 0; i < childNodes.length; i++) {
			var I = childNodes[i];
			I.nodeType == 1
				? arguments.callee(callback, I)
				: I.nodeType == 3 && callback(I, i);
		}
	}
};