Свойство 'innerHTML' стандартизировано? Нет. Согласно спекам MS (как пример) это свойство "sets or retrieves the HTML between the start and end tags of the object", никаких точных деталей о представлении. Сначала вы приводите НЕИЗВЕСТНУЮ строку в контент, браузер по своим законам парсит её, форматирует и т.д., затем делаете обратное действие, которое точно также зависит от представления браузера(ом). Почему вы решили, что в этом случае можно гарантировать равенство неизвестных вам заранее строк (innerHTML==nodeValue/data)? Ради интереса попробуйте добавить в текст что-нибудь вроде <p>...
Тем более жутко, что нет вообще никакой необходимости replace-ить все текстовые ноды без разбора (на кой ляд это делается?), создавать для каждой ноды элемент, изменять его контент через innerHTML, потом "проверять".