Спасибо всем, проблема решена.
Причина была в том что код на странице был заключен в функцию window.onload:
<script>
window.onload = function() {
code...
document.write("<script src='code.js' type='text/javascript'></s"+"cript>");
}
</script>
Когда убрал эту функцию все заработало.