[frant32]

файл подключается в любом случае, но применить новые стили поверх уже установленных — проблемно.

я решал это так:
свои стили прописывал с префиксом, к примеру, если было .style1 — писал .my_style1, если было #ident — #my_ident и т.д.

и после подгрузки свои стилей проходился по всем элементам, добавляя префиксы к классам и стилям.

$('link:first').attr('href', 'http://twitter.github.com/bootstrap/assets/css/bootstrap.css');

нужно заменить линк стиля чужого сайта на свой .