Либо выносить внутренний элемент наружу, либо убирать absolute у внешнего:
<div id="wraper" style="position: absolute; left: 0; top: 0; right: 0;">
<div id="main" style="width: 100px; height: 100px; margin: 100px 0 0 100px; background: #99f;">
<div id="inner" style="position: absolute; top: 100px; right: 100px; width: 100px; height: 100px; background: #9f9;"></div>
</div>
</div>
Вроде больше никак.