[hogart]

Как-нибудь так:

Tree.prototype.prepare = function(id) {
	var t = this;
	var container = document.getElementById(id);
	var initLength = container.getElementsByTagName("li").length;
	for (var i = 0; i < initLength; i++) {
		document.getElementById(id).getElementsByTagName(" li")[i].addEventListener("click", function (evt) { t.clickHandler.apply(t, [t]), false);
	}
}

Напишите кроссбраузерную обертку для навешивания хэндлеров, которая будет принимать ноду, ссылку на метод и ссылку на контекст исполнения метода. Такая обертка здорово облегчит жизнь в вашем стиле проектирования.