У Вас не код, а тихий ужас какой-то! Элементы позиционируются и выдёргиваются из потока, блоки схлопываются по высоте и не растягиваются больше высоты вьюпорта и т.д. Сходу ничего не сделаешь - надо перелопачивать все стили!
Как вариант - вставьте костыль:
в div-ы с классом "window" вставьте пустую обёртку
<div style="position: absolute; width: 100%; height: 1px; bottom: -50px;"></div>
а для
<div class="window">
пропишите
style="overflow:visible"
если нужна шапка поверх всех проставьте ей больший z-index, например 1000.