может я чегото не понимаю, но чем вам alert() не модальное окно???
и в хроме работает:
showModalDialog("http://netfaq.ru/java/modal_win_on_java","name", "dialogWidth=350px, dialogHeight=200px")
но блокируется браузером!!!
П.с если вам надо красивое модальное окно, думаю fancybox вам поможит=)