хз, но как вариант можно попробывать определять активность страницы.
Если страница активна тогда таймер работает, если не активна тогда таймер неработает
$(window).blur(function() {
// здесь унечтожим таймер
clearTimeout(timeOut );
});
$(window).focus(function() {
// здесь запустим функцию
autoAdvance();
});
блин на секунду опаздал))