[Раед]

var line1 = arr.join('; ');

Это лишнее

Так?:

$(document).ready(function(){   
 var t1=document.getElementById('gt').rows[0].cells;
 var t2=document.getElementById('gt').rows[1].cells;
 var arr = [];
  
 for (var i=0;i<=11;i++) {
  arr.push([t1[i].innerHTML,t2[i].innerHTML]);
 }
   
 var line1 = arr;
  
    var plot1 = $.jqplot('chart', [line1], {
    title: 'Столбцовый график',
    series:[{renderer:$.jqplot.BarRenderer}],
    axesDefaults: {
        tickRenderer: $.jqplot.CanvasAxisTickRenderer ,
        tickOptions: {
          angle: 0,             //Наклон символов (значение 0 - под 90 градусов)
          fontSize: '14px'      //Размер шрифта
        }
    },
    axes: {
      xaxis: {       
        renderer: $.jqplot.CategoryAxisRenderer
      }
    }
  });
     
});