[atlantis]

Попробуй так:

var a = 0;
var tm = new Array();
function pr() {
if  ( a == 0 || a == 1  ) {
$("#blocks div").eq(0).fadeTo(2000,a);
$("#blocks div").eq(1).fadeTo(3000,a);
$("#blocks div").eq(2).fadeTo(4000,a);

a++;
if ( a == 2) {  a = 0; }
tm[a] = setTimeout(pr(),2000);

}

if ( a > 2)
{
$("#blocks div").eq(0).fadeTo(2000,1);
$("#blocks div").eq(1).fadeTo(3000,1);
$("#blocks div").eq(2).fadeTo(4000,1);

}
}

$("#stop").click(function() {
a = 4;  
for ( var i = 0; i <= 4; i++) if ( tm[i] ) clearTimeout(tm[i]); 
tm = new Array();   
} );

Только измени значения в "for ( var i = 0; i <= 4; i++) " на то, сколько у тебя значений "а".