[melky]

про новые методы все забыли ? Array.prototype.filter легко реализуется в IE, а сама проверка существование через in - самая быстрая операция в JS (на хабрэ читал исследование)
нужна проверка по ID, а это примитив... как раз сюда подойдет оператор in.

var used = {};

var arr = [{id:3}, {id:5}, {id:3}, {id:3}, {id:3}, {id:7}, {id:7}];

var filtered = arr.filter(function(obj) {
    return obj.id in used ? 0:(used[obj.id]=1);
    /*
    var res = !(obj.id in used);
    used[obj.id] = null;
    return res;
    */
});

console.log(filtered);

Другой вопрос. Что быстрее: удалять совпадения (сплайсом) или пихать уникальные объекты в новый массив?

сплайс будет сдвигать все последующие значения, заполняя просвет. очень медленно