[beard]

1) Я бы на твоем месте дебажил все изменения которые происходят в это блоке

function marqueeLoop() { //в сочитание с marqueeRemove выполняет 3-5 пункты схемы-алгоритма, зацикливается
		scrollTextBox.children('span').clone().appendTo(scrollTextBox);
		var scrollLoop = 2 * scrollTextBox.children(':first').height() - scrollTextBox.height();
		scrollTextBox.animate({ //Вот ТУТ на втором проходе что-то идет не так(анимация перестает работать)!
			scrollTop: scrollLoop}, 6000,  marqueeRemove);
			}

2) может лажает clone советую вместо него пока забить тупо так

$("<span>my span</span>").appendTo(scrollTextBox);