return counter;
alert(counter);
return counter; возвращает результат работы функции getKeysCount и на этом функция прекращает свое выполнение
т.е. alert(counter); нужно написать перед return counter;
+
var Par1 = prompt('его значение');
var Par2 = prompt('его значение');
prompt возвращает строку, т.е. ты складываешь строки, нужно прежде преобразовать их в целочисленный тип