[nekto_O]

1) почему его нет в __proto__ в консоли сразу после создания без рендеринга

Как это нету?

console.log(item.__proto__.getWidth); // function()

2) почему при попытке вызова этого метода появляется ошибка, что такого метода нету

TypeError: this.el is undefined - тоесть нет ссылки на el, которая создается фреймворком после того как элемент отрендерился (появился в dom).

...
panel.items.each(function(item) {
        try {
            item.getWidth();
        } catch(e) {
            alert(e); // TypeError: this.el is undefined
        }
});
...

а метод getWidth как известно возвращает el.getWidth().