[Deff]

а если так то не работает... Не пойму почему?

Установка обработчика работает ранее появления элемента на странице, он ни к чему не привязывается;
Можно попробовать так, если внедрение элемента единственное,(если нет - нун ставить обработчик через .live

function Hover(){
     		   $('a.link').css({"opacity":"0.4"});
		   $('a.link').hover(function(){
				  $(this).stop().animate({opacity:1.0},800);
		   },function(){
				  $(this).stop().animate({opacity:0.4},800);
	   });
  }
	var FirstClick=true;
		$('.go').click(function(){
			$('body').append('<a href="" class="link">Главная</a>');

		if(FirstClick){FirstClick=false;Hover()} //Ставим Обработчик

			return false;
		});		   

});