[Dim@]

Ren,
что именно у вас не так (если просто проблема с массивами массивов то вот пример):

function fun(){
 document.a = prompt('Введите длину массива mass.','');
 document.a2 = prompt('Введите длину массивов массива mass.','');
 if (/\d+(\.\d+)?/.test( document.a) != true){fun();return}
 if (/\d+(\.\d+)?/.test( document.a2) != true){fun();return}
 document.a = new Number( document.a);
 document.a2 = new Number( document.a2);
 document.mass = new Array();
 for (i = 0; i < document.a; i++){
 document.mass[i] = new Array();
  for (k = 0; k < document.a2; k++){
   document.mass[i][k] = Math.round((k + 40) * Math.random());
  }
 }
 func();
}
function func(){
 document.a3 = prompt('Введите индекс элемента массива mass.','');
 document.a4 = prompt('Введите индекс элемента массива массива mass.','');
 document.a3 = new Number(document.a3);
 document.a4 = new Number(document.a4);
 if ((/\d+(\.\d+)?/.test(document.a3) != true) || (document.a3 >= document.a)){func();return}
 if ((/\d+(\.\d+)?/.test(document.a4) != true) || (document.a4 >= document.a2)){func();return}
 alert(document.mass[document.a3][document.a4]) 
}
fun();