Смысл куки пропал. Теперь при нажатии на ссылку подподкатегории сбрасываются куки, что не нужно.
Добавил класс link к ссылкам подподкатегорий и изменил немного строку в скрипте:
nav.find("a[class!=link]").click(function() {
Сейчас все ок
Хотя мне кажется можно было и проще сделать. Ток я делаю как умею