[Serg_pnz]

3, 4. Смотря что за вирус, как правило дописывается что-то в конец файлов, это можно и руками почистить, с внедрением в мускул сложнее.
Но как правильно сказали - надо менять пароли и вообще попытаться установить откуда залезли.