Скажите-ка, а какая у вас версия jquery, а то в примере не видно. В 1.2.3. метода scrollTop нет, в 1.2.6 -- есть. Вот это работает в ИЕ/ФФ/Опера:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<script type="text/javascript" src="jquery-1.2.6.js"></script>
</head>
<body>
<div id='mes' style='height:200px;width:500px;border:1px solid yellow;overflow:scroll'></div><button onclick="$('#mes').append('<div style=\'border:1px solid green;height:30px\'></div>')">Append</button><button onclick="$('#mes').scrollTop($('#mes').get(0).scrollHeight||0)">Scroll</button>
</body>
</html>