Скачал плагин... Похоже, он этого не поддежривает. Если поправить на коленке -- то можно так:
замените строку 59
var currentScrollPosition = settings.maintainPosition ? $this.position().top : 0;
на
var currentScrollPosition = (settings.hasOwnProperty('scrollPosition') && -settings.ScrollPosition) || (settings.maintainPosition ? $this.position().top : 0);
используйте при реините параметр scrollPosition:
$('.scroll-pane').jScrollPane({showArrows:true, scrollbarWidth:16, dragMaxHeight:20, scrollPosition:$('#mes').get(0).scrollHeight||0});