[oneguy]

Дело в том, что когда создаётся новый объект оператором new, то ему присуждается прототип, равен значению свойства prototype конструктора перед выполнением конструктора. Последующее изменение свойства prototype конструктора не влияет на прототип новосозданного объекта.
В данному случае при выполении 48-ой строчки перед началом выполения конструктора, то есть функции Sandbox.modules.dom Sandbox.modules.dom.prototype был равен своему начальному значению, а изменился он лишь в 9-ой строчке.