nata031189,
создайте функцию
function stroika(){
if (j < (lenghtY2 + alpha)){clearInterval(interval); return}
s.fillRect(startX2+lenghtDeltaX, startY-alpha-lenghtY2, lenghtX, j);
j+=0.1;
}
interval = setInterval('stroika()', 500);
интервал будет действовать до конца постройки (когда if станет false).