наверно, потому что на момент инициализации obj флешка еще не прогрузилась, а значит и методов никаких еще нет.
ориентируйтесь на событие window.onload либо аналогичное для флешки.
с флешками я не работал, но полагаю, что должно сработать такое:
obj = getSWF("objectSWF_ID");
obj.onload=function(){
obj.setValue(100);
}