[Deff]

Irish.Tippler,
Либо сменить последовательность проверок(от старшего к младшему, либо тупо ставить return, посколь после проверки и инкремента counter подпадает под следующую проверку, с выводом true

<script type="text/javascript">
var counter = 0;
function show_counter () {alert(counter)}; 
function plus_counter () {
					if (counter===2) {counter=0;show_counter();} else {};
					if (counter===1) {counter++;show_counter();} else {};
					if (counter===0) {counter++;show_counter();} else {};

};
plus_counter ()
</script>

<script type="text/javascript">
var counter = 0;
function show_counter () {alert(counter)}; 
function plus_counter () {
					if (counter===0) {counter++;show_counter();return;} else {};
					if (counter===1) {counter++;show_counter();return;} else {};
					if (counter===2) {counter=0;show_counter();return;} else {};
};
plus_counter ()
</script>