Это какая-то невероятная хрень. В верху страницы был такой код
<div class="logo">
<a href="/"><img src="logo.png" alt="" /></a>
</div>
Этот код вообще никакого отношения к canvas не имел. Ну, вообще никакого. После него в верстке несколько clear стоит и куча текста. На высоту страницы и скролбар этот код никак не влиял. Но! Но именно из-за этого кода было неправильное позиционирование (узнал я это методом тыка).
И тогда я убрал картинку в background-image, а код изменил:
<div class="logo">
<a href="/" class="logoHref"></a>
</div>
И о чудо! Позиционирование курсора в canvas стало правильным! Я не могу никак объяснить эту ошибку. Вообще никак. Кто может - я буду благодарен за просвещения.