[bes]

На мой взгляд, оба хороши (третий ошибочный), использование зависит от ситуации.
Помнить только, что при добавлении к innerHTML (+=) идёт перезапись и обработчики внутренних элементов (если они не в атрибутах) теряются и то, что не все теги позволяют делать перезапись innerHTML (например, table и tr в IE этого не позволяют).
Там, где не нужны обработчики или они записаны в атрибутах и нет внутреннего содержимого с обработчиками, я бы использовал перезапись innerHTML.