syegorius,
забыли вернуть на место html. Вы лишь заменили символы в строке, но не вставили в тег.
Надо вот так:
var elements=document.getElemensByTagName('tagname');
for(var i=0;i<elements.length;i++){
var a = elements[i].innerHTML;
a = a.replace(/</gi,"<").replace(/>/g,"&rt;");
}