Спасибо большое. Особой разницы в работе не нашел, так что использую первый вариант.
Возник еще вопросик: у меня первая строка была с id='top' т.к. там заголовки и подсвечивалась другим цветом. А возможно теперь так же столбец подсветить? Ну то есть как модифицировать этот код, что бы там, где было <tr id='top'> стали например <td class='top'>?
Спасибо, разобрался. Придумал жуткие грабли, но, вроде работает
var removed = "<tbody>";
var newstr = "<tbody><colgroup><col class='alt'/></colgroup>";
var str = document.getElementById("out").innerHTML;
document.getElementById("out").innerHTML = str.replace(removed, newstr);