У объекта нет свойства prototype, но есть скрытое свойство [[proto]], в котором хранится ссылка на прототип, заданный объекту при конструировании. Некоторые среды позволяют обратиться к нему по имени свойства __proto__, а в ES5 есть
Object.getPrototypeOf:
var a = function(){};
alert( a instanceof Function )
alert( [a.__proto__, a.__proto__ === Function.prototype] )
alert( [Object.getPrototypeOf(a), Object.getPrototypeOf(a) === Function.prototype] )