[Gvozd]

хм.
нелегкая задача и вправду.
теоритическое решение:
поставить что-то по типу транслирующего веб сервера.
задумка в том, что у вас будет свой веб-сервер, который будет брать файлы(если они есть) из того что вы в него положите(ваши JS-скрипты,CSS-стили).а те файлы, которых у вас нету(весь динамический контент, создаваемый на вашем сайте) будет качатся с вашего основного сервера в режиме реального времени, и выдаватся от имени уже вашего веб-сервера.
точно не уверен, но по моему должны быть опции конфигурации апача, которые позволяют сделать такое достаточно прозрачно.
на крайняк можно использовать rewrite_mod , который бы по событию 404 переправлялся бы на внутреннний скрипт, реализующий передачу данных от вашего основного сервера, джо вашего браузера.главное не забыть в этом скрипте транслировать не только тело результата, но и заголовки.
минусы:относительная сложность в реализации.придется покорпеть за мануалами не один час возможно даже
плюсы:если все заработает так как надо, то вам достаточно кидать файлы в директорию на своем компе, и они уже будут братся не с удаленого серва, а с вас, позволяя тем самым менять любой из сркиптов на лету

вариант-2.
меньше гемора в начале.
постоянный гемор всегда
поставить Mozilla + Firebug
у него на вкладке консоль есть по умолчанию строка, для JS-кода.
кнопкой в виде стрелочки переводим это поле в многострочный режим.
вуаля:вы можете после загрузки страницы написать в этом поле JS и выполнить его.
минусы:
редактировать скрипты более 5-10 строк очень неудобно
позволяет редактировать только самые простые вещи на лету
то есть редактировать сложные замыкания практически нереально
нереально нормально работать с DOM-эффектами, единоразового выполнения(надо его приводить обратно в девственный вид, либо перезагрузиь страницу)
регулярно надо сохранятся в текстовый документ, потому что тут нету сохранения
плюсы:
легко поставить.
легко использовать для отладки простейшего кода

PS самое же идеальное решение: настоять чтобы администрация сервера выдала разработчикам доступ по ФТП с разграничением прав между ними(раз они такие параноики, и доступа к чудому коду минимум).
я только один раз сталкивался с таким обновлением сервера, но там хотя-бы это был сгновенный процесс.
единственная реальная проблема которая тогда стала-скачать обратно файлы в обилии генерируемые PHP-скриптом, потому что SVN не комитил изменения, творящиеся на сервере самостоятельно