Как сказал бы Тёма: так
document.body.innerHTML = document.body.innerHTML ...
делают только мудаки.
Вариантов есть пара в зависимости от конкретной задачи, но скорее всего сама задача кривая.
1. Перебор элементов и замена в текстовых нодах.
2. Работа с selection/range.