FINoM,
потому что объект y уже создан и не расширяется прототипом Y зато следующие объекты Y будут иметь метод method
X = function() {}
Y = function() {}
X.prototype.method = function() { alert( 'ок' ) };
y = new Y;
alert( y.constructor === Y )
y.constructor.prototype = new X;
yy = new Y;
yy.method();