["Камаз20"] - это массив с нулевым элементом "Камаз20".
Вам надо делать либо так: lenCarCost[j][0][0] == car, либо не заниматься глупостями и не плодить лишних массивов.)
И естественно alert("Камаз20") и alert(["Камаз20"]) выводят одно и то же, т.к. второе приводится к строке:
alert("Камаз20" == ["Камаз20"].toString());