[devote]

Правильно ли сначала все массивы загнать в JS как-то так:

для этого придумали json_encode в PHP что бы не парится с массивами и объектами..

<script type="text/javascript">
    var jswordsarray = <?php echo json_encode( $words );?>
    var jsurlsarray = <?php echo json_encode( $urls );?>
</script>

а в JS с ними работать как с объектами. А если нужно перебрать то юзаем в JS:

for( var key in jswordsarray ) {
    if ( Object.prototype.hasOwnProperty( key ) ) {
        alert( "key: " + key + ", value: " + jswordsarray[ key ] );
    }
}