[oneguy]

Читал статьи, из раздела ЧаВо этого форума. Но у меня возникли проблемы.... Не совсем понимаю, чем свойство объекта prototype отличается от свойства __proto__ реализованного в некоторых движках. Они ссылаются на один и тот же объект?

Нет, они обычно ссылаются на разные объекты.
У каждого объекта есть внутреннее свойство без имени (в спецификации его обозначают [[Prototype]], в некоторых браузерах оно доступно через __proto__, но это не имя его, а лишь способ доступа), которое обозначает его прототип. Во всех современных браузерах значение этого свойства доступно через Object.getPrototypeOf(obj). Цепочка прототипов объектов определяет путь, по которому у объекта при чтении или записи ищется свойство.
Свойство prototype - это обычное свойство с именем "prototype", которое могут иметь объекты. Все пользовательские функции обязательно имеют это свойство, объекты не являющимися функциями могут иметь его, а могут и не иметь. Это свойство особенно полезно, когда пользовательская функция вызывается как конструктор: у новосозданного объекта устанавливается прототип (безымянное свойство, о котором говорилось раннее) равным значению свойства prototype конструктора.
Прототипом любой функции является начальное значение Function.prototype. За исключением того, что начальное значение Function.prototype само является функцией.