мде.. судя по всему, ИЕ не нравится симуляция клика, как вариант могу предложить использовать
label:
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head></head>
<body>
<form>
<label for="myFile">Select File</label>
<div style="width: 0px;height: 0px;overflow: hidden;display: inline-block;">
<input type="file" name="myFile" id="myFile" />
</div>
<input type="submit" value="submit" />
</form>
</body>
</html>