После прописывания
<base href="/" />
IE6 Перестал находить файл, указанный в адресной строке (Internet Explorer cannot open the Internet Site [url]), а не файл подключаемого скрипта. Появилось предположение, что в аттрибуте href нежно указывать полный путь к html документу(http://domain.zon/doc.html). После этого скрипт стал загружаться, но ИЕ всё равно падал(!). Судя по сообщению (Internet Explorer cannot open the Internet Site [url]) это действительно баг ИЕ, т.к. html-то мы открыли(скрипт подключился), а в сообщении пишет совсем другое.