[DjDiablo]

я боюсь что вопрос "как должно быть" не уместен, есть только удобно для вас и неудобно.

Если тулбар более менее сложный то его есть смысл выделить в отдельный компонент.

тогда будет две вероятности , либо подключать разные тулбары в зависимости от группы, либо тулбар должен сам заполнить себя кнопками в зависимости от группы (к примеру будут подключены различные наборы items в initComponents вашего тулбара)

нажатие на кнопки обычно обычно стоит слушать в контролёре.

данные для инициализации приложения можно комфортно получить в application это тоже контролёр, но он контролирует всё приложение.

можно пойти дальше и подключать в application тот viewport который содержит только нужные пользователю компоненты.