https://github.com/LearnBoost/socket.io/issues/430 - вот тут нашел что то про этот баг, Multiple sockets open after reconnect - но как я понял суть в дублировании эвентов.
Особо не полян что к чему там, так как в английском не селен, но помогло вот это :
После выхода из ждущего режима происходит реконнект и нужно проделать вот что перед тем как соединиться заново.
socket.disconnect();
socket.removeAllListeners('connect');
io.sockets = {};
Наверно есть какой то другой вариант решения проблемы, более грамотный.