tenshi,
Ну додумайте же.. height укажите и все ок!
специально для вас
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title></title>
<style>
#popup {
width: 30%;
height: 30%;
position: absolute;
top: 1%;
left: 1%;
right: 1%;
bottom: 1%;
margin: auto;
background: #f00;
}
</style>
</head>
<body>
<div id="popup"></div>
</body>
</html>