Shitbox2,
Какая версия jquery ?
Проверил на jquery 1.8.2 в Firefox - все ок.
$('#item').data('options',{opt1:'a'});
newoptions = {opt1:'b', opt2:'b'};
$.extend(true, $('#item').data().options, newoptions);
console.log($('#item').data('options')); // {opt1: 'b', opt2: 'b'}
$('#item').data().options = 'abc';
console.log($('#item').data('options'));// 'abc'