Разобралась) чтобы была строка код такой:
function checks() {
var cbx = document.getElementById("flags").getElementsByTagName("input"), msg= "";
for (i=0; i < cbx.length; i++) {
if (cbx[i].type == "checkbox" && cbx[i].checked) {
msg += "" + cbx[i].value +"" ;
}
}
alert(msg);
}